.svg)
2001. gada 29. janvāra Senāta sēdē tika apstiprināta Daugavpils Universitātes attīstības koncepcija (2001-2010), kurā DU pozicionēta kā reģionāls augstākās izglītības, zinātnes un kultūras centrs, kurā tiek apvienots un attīstīts galvenais Austrumlatvijas studiju un pētnieciskais potenciāls dabas, humanitāro, sociālo un izglītības zinātņu jomās. Daugavpils Universitātes misija ir nodrošināt augstas kvalitātes studijas un mūsdienu līmenim atbilstošu zinātnisko pētniecību, veidojot intelektuālo bāzi Latgales reģiona harmoniskai attīstībai.
2001. gada 5. martā Satversmes sapulce apstiprināja Daugavpils Pedagoģiskās universitātes nosaukuma maiņa uz Daugavpils Universitāti, pamatojot to ar realizēto zinātniskā un mācību potenciāla kāpināšanu, akadēmisko un profesionālo studiju iespēju paplašināšanu un studiju kvalitātes paaugstināšanu. 2001. gada 5. marts iezīmēja jaunu pavērsienu augstskolas vēsturē, jo tika apstiprināta arī jaunā satversme – Daugavpils Universitātes Satversme.
Notika arī būtiskas izmaiņas DU struktūrvienībās. 2001. gada 1. oktobrī izveidota Sociālo zinātņu fakultāte, reorganizējot Pedagoģjas un psiholoģijas fakultāti, 2003. gada 7. augusta Senāta sēdē izveidota Izglītības un vadības fakultāte. Minētajā Senāta sēdē tika nolemts arī par Darbmācības katedras, Sporta metodikas katedras, Fiziskās audzināšanas un Deju katedras likvidāciju, kā arī SZF Tiesību katedras izveidi. Pēc 2001. gada DU dibināti un veiksmīgi darbojas vairāki zinātniskie institūti un centri: Ilgtspējīgas izglītības institūts (2003), Sociālo pētījumu institūts (2003), Komparatīvistikas institūts (2003), Mutvārdu vēstures centrs (2003), G. Liberta Inovatīvās mikroskopijas centrs (2004), Ekoloģijas institūts (2004) un Sistemātiskās bioloģijas institūts (2005). Savu darbību turpina arī Latgales Pētniecības institūts (darbojas kopš 1991. gada).
Pašlaik studiju process DU norisinās piecās fakultātēs: Dabaszinātņu un matemātikas, Humanitārajā, Izglītības un vadības, Mūzikas un mākslu, Sociālo zinātņu, kuru darbs ir organizēts 3 mācību korpusos: Vienības ielā 13, Parādes ielā 1 un Saules ielā 1/3 un Sporta kompleksā Kandavas ielā 1. Kopējais pilna un nepilna laika studējošo skaits 2006./2007. studiju gadā bija 4942. Studiju procesu realizēja 191 docētājs, no tiem 107 ir zinātniskais doktora vai habilitētā doktora grāds.
Daugavpils Universitāte piedāvā studentiem plašas iespējas iesaistīties dažādās aktivitātēs. DU ietvaros darbojas Studentu deju ansamblis „Laima”, Studentu padome, studentu žurnāls „Lai Top!” un DU Jauno zinātnieku asociācija. DU Sporta kompleksā iespējams apmeklēt bezmaksas sporta nodarbības pieredzējušu treneru vadībā.
