DZTI Ekoloģijas departamentā ietilpst Akvakultūras laboratorijas, Hidroekoloģijas laboratorija, Molekulārās bioloģijas un ģenētikas laboratorija, Parazitoloģijas un histoloģijas laboratorija, Zookultūras un dabas aizsardzības laboratorija. Ekoloģijas departamenta laboratorijas ir aprīkotas ar modernu aparatūru un izmanto mūsdienīgu laboratorijas, kā arī lauka pētījumu aprīkojumu.