DZTI Ekoloģijas departamentā ietilpst Akvakultūras laboratorijas, Hidroekoloģijas laboratorija, Molekulārās bioloģijas un ģenētikas laboratorija, Parazitoloģijas un histoloģijas laboratorija, Dabas aizsardzības un IT-MI risinājumu laboratorija. Ekoloģijas departamenta laboratorijas ir aprīkotas ar modernu aparatūru un izmanto mūsdienīgu laboratorijas, kā arī lauka pētījumu aprīkojumu.